В этом здании гимназии работал директором Менделеев Иван Павлович – отец русского учёного и общественного деятеля Д.И.Менделеева, у которого в 1839-1856 гг. в разное время бывали декабристы Басаргин Николай Васильевич, Фонвизин Михаил Александрович, Чижов Николай Александрович.
Точная дата постройки не известна, но существует мнению, что оно было построено еще до пожара 1788 г. Также высказал предположение, что в основе сооружения лежат более ранние палаты петровского времени. Данная версия находит подтверждение при анализе планов здания, в частности подвального помещения, сделанных архитекторами.
Ранее это был двухэтажный дом купца Василия Корнильева, владельца типографии. В 1780-х годах за недоимку дом был передан городской управе. Затем в нем расположилась резиденция правителя тобольского наместничества А.В. Алябьева, отца известного композитора, в 1797 г. — Главное народное училище, позже преобразованное в четырехклассную гимназию. Здесь в разные годы работали И.П. Менделеев и П.П. Ершов, учились Д.И. Менделеев, Г.С. Батеньков, П.П. Ершов. В 1837 г. гимназию посетил Наследник Российского престола, будущий царь Александр II и сопровождающий его в поездке по Сибири воспитатель Цесаревича В.А. Жуковский.
В период XVIII-XIX вв. здание претерпело многочисленные изменения. В 1824 г., в связи с расширением гимназии, дом удлинили и здание приняло ныне существующие размеры. В советское время здание было приспособлено под стационар.