Построена по заказу ярославского купца Григория Никитникова, жившего рядом в Китай-городе.
Южный придел храма был посвящён Никите Мученику, в него же была перенесена чтимая икона этого святого из сгоревшей церкви. Он служил усыпальницей храмоздателя и членов его семьи. В начале XX в. северный фасад, где имелось крыльцо, симметричное южному, был искажён пристройками.
Главной святыней храма с 1654 г. служит список Грузинской иконы Божией Матери, выполненный в связи с избавлением столицы от морового поветрия. К 250-летию этого события в подклете Грузинской иконы Божией Матери был освящён особый придел (1903 г., архитектор Виктор Веригин. Отсюда пошло старое наименование Никитникова переулка — «Грузинский», которое было изменено на текущее в 1926 г.
В 1920 г. закрыта для богослужений и в 1934 г. передана в состав Государственного исторического музея. В 1923-1941 гг. здесь действовал музей Симона Ушакова, с 1963 г. — музей древнерусской живописи. В послевоенное время тесно обстроен современными офисными зданиями.
В 1991 г. было принято решение вернуть церковь Русской православной церкви, ныне богослужения ведутся в подклете храма.
Эталон московского узорочья середины XVII в.
Объект культурного наследия народов РФ федерального значения. Рег. № 771410295000006 (ЕГРОКН).