Построен в 1900 г. как Виндавский вокзал. Торжественное же открытие состоялось 11 сентября 1901 года. Первый поезд отправился в Виндаву в 18:05.
Вокзал неоднократно менял свои названия. Со времени постройки и до 1930-х годов это был Виндавский вокзал, затем Балтийский, Ржевский, с 1946 г. — Рижский.
Рижский вокзал — наименее загруженный из девяти московских вокзалов по количеству обслуживаемых пассажирских поездов дальнего следования.

На Рижском вокзале существует Центр научно-технической информации (ЦНТИ) ОАО «РЖД» и Центр инновационного развития, в котором выставочный центр инноваций на железнодорожном транспорте. Также на рижском вокзале открыта экспозиция под открытым небом, на которой представлены различные образцы железнодорожной техники различных эпох, а в корпусе вокзала располагается большой макет железной дороги (72 м²), посвящённый интермодальным перевозкам на ж.-д.

Здесь Э. Рязанов снимал фильм «Вокзал для двоих» (1981).
Также в здании вокзала проходили съёмки скетч-шоу «6 кадров».
Вокзал также можно увидеть в сериале «Глухарь» (2008-2010) и в фильме «Бабло» (2011).