Отдел с клиникой на 60 коек вступил в строй в 1982 г.
В 1983 г. НИО глубоких микозов с клиникой приобрел статус Всесоюзного центра Министерства здравоохранения СССР по глубоким микозам.
Перед зданием 11 ноября 2005 г. открыт памятник П. Н. Кашкину (организатор и руководитель НИИ медицинской микологии, известный ученый-миколог, лауреат Государственной премии)