Первое каменное здание мечети в Тобольске было построено в конце XIX – начале ХХ вв. по инициативе выдающегося деятеля сибирской татарской культуры, купца 2-й гильдии Тухтасын–хаджи Сафаралеевича Айтмухаметова. Гласный Тобольской городской думы, один из учредителей и казначей общества мусульман-прогрессистов Айтмухаметов открыл и содержал на свои средства татарскую школу. По его настоянию бревна старой деревянной мечети использовались для сооружения нового здания школы. На месте деревянной в 1895-1900 была построена в Нижнем посаде новая мечеть каменная с минаретом. Строительством руководил Максум Бекшенев.

В 1930 г. мечеть была закрыта. Восстановлена в 1989 г. Проектные работы по ее реставрации выполняла правнучка мецената Светлана Четкарева.