Первое упоминание Покровской церкви Покровского монастыря в Угле в источниках встречается под 1399 г. После отражения штурма Пскова в 1582 г., вероятно, перестроена путём пристройки с юга второго здания, церкви Рождества. Оба здания имеют одну общую стену. Между ними поставили звонницу в две арки.
1764 г. — монастырь упразднен, церковь оставлена с окладным жалованием без прихода. В 1813 г. церковь приписана к церкви Никиты Гусятника.
1847—1848 гг.- церковь перестроена. Снесена древняя звонница, на церковные пожертвования построена кирпичная колокольня с пятью колоколами. Общий притвор расширен и вытянут.
5 мая 1936 г. — церковь закрыта решением Псковского окружного исполкома.
1941—1944 гг. — церковь пострадала от военных действий.
Церковь взята под охрану государства, как памятник республиканского значения Постановлением Совета Министров РСФСР № 1327 от 30 августа 1960 г.
1961—1964 гг. — церковь отреставрирована по проекту В. П. Смирнова. Перед храмом был установлен каменный крест в память о героических событиях 1581 года и погибших псковичах при осаде Пскова Стефаном Баторием.
1966 г. — между церковью, Покровскими воротами и Покровской башней снимались отдельные эпизоды фильма Андрей Рублёв.
В 1993 г. храм был возвращен Русской Православной Церкви.
Объект культурного наследия России федерального значения рег. № 601510242910006. Объект всемирного наследия.