1717 г. — выстроена часовня при Охтинском пороховом заводе;
1742-1743 гг. — выстроена деревянная церковь по проекту архитектора И. Я. Шумахера;
1781-1785 гг. — церковь перестроена в камне по проекту, предположительно, Н. Львова (требует дополнительных изысканий);
1805-1806 гг. — пристроена колокольня и трапезная по проекту архитектора Ф. И. Демерцова;
1875-1877 гг. — по проекту архитектора Н. В. Лиссопацкого был пристроен притвор с западной части, апсида с восточной и устроены хоры.
1901-1902 гг. — проведён капитальный ремонт, храм подвергся значительным перестройкам, изменившим его облик, была изменена форма купола. Колокольня была надстроена ещё на один ярус по проекту гражд. инж. Симонова. Храм был заново расписан И. К. Фёдоровым и В. Я. Оранским. 8 июля 1911 г. произведено малое освящение церкви после ремонта.
В 1974 г. в здании произошёл пожар. Огонь уничтожил купол и старинную роспись на его внутренней поверхности — изображение Илии Пророка на колеснице, запряжённой крылатым конём. С 1983 г. здание реставрировалось. После пожара купол восстановили в первоначальном виде.