Здание было построено в 1856 году по проекту И. П. Скалочкина, крепостного графини Кутайсовой, в романтическом стиле «неоготика» (или «псевдоготика») русской эклектики второй половины XIX века. Первоначально оно предназначалось для архива и губернского музея. Небольшая по своим размерам архитектурная постройка напоминает средневековую крепость. Здание было построено во время второго правления Оренбургского генерал-губернатора В.А. Перовского (1851-1857 годы)., крепостного графини Кутайсовой. Однако когда были завершены строительные работы, по приказу генерал-губернатора здесь разместили гауптвахту. Музей основан в 1983 году к 240-летию города Оренбурга.
На башне были установлены часы «таможенного ведомства», ранее находившиеся на Гостином дворе в Оренбурге. При генерал-губернаторе А.А. Катенине, управлявшем Оренбургским краем в 1857-1860 годах, здание приспособили под главную гауптвахту. В его западной части разместили караульную службу, в восточной – камеры для заключённых.