Здание храма Рождества Пресвятой Богородицы было заложено по архиерейской грамоте, полученной в октябре 1787 году. Кирпичная одноэтажная церковь строилась (на углу Покровской и Оханской) при помощи городского головы — купца В.Г. Лапина на добровольные пожертвования купцов. Это было второе церковное каменное здание Перми. В то время храм назывался Владимирским с Никольским и Трёхсвятским приделами. В 1810 году церковь была переименована в Рождество-Богородицкую. А в 1816 году завершилось строительство главного придела второго этажа — муч. Агриппины и Воздвиженский.

Церковь действовала до 1928 года. Красивейший храм, когда-то бывший одним из главных украшений города, был несколько раз перестроен в советское время. В декабре 1928 г. была демонтирована колокольня, в 1933 г. купол разобран и заменен скатной кровлей. Потом здание было приспособлено под общежитие для студентов — сначала индустриального, а затем художественного техникумов. Позднее здесь разместился главный корпус фармацевтического института, позже переименованного в Пермскую государственную фармацевтическую академию.

В апреле 2009 года здание было возвращено Пермской епархии Русской Православной Церкви.