Православная церковь в г. Силламяэ была построена в 1898 году (в то время это место называлось деревня Капука Вайварской волости, Везенбергского уезда, Эстляндской губернии). Проект предполагал строительство каменнной церкви на 150 человек и был утвержден губернским инженером Р.О. Кнюпфер, губернским архитектором Э. Бернгардт, а также на проект была наложена одобрительная резолюция губернатором Эстляндии князем Сергеем Шаховским. Церковь была построена и освящена 12 июля 1898 года.
Церковь была полностью разрушена во время Второй Мировой войны. Спустя почти 50 лет, в 1990 году в городе Силламяэ была зарегистрирована деятельность православной церкви Казанской Божьей Матери, настоятелем которой назначается протоиерей Александр Пидвысоцкий.
Здание, которое получили прихожане — это небольшой одноэтажный финский домик по улице Речной, который находится на самом берегу реки Сытке. Разобрали внутренние перегородки домика, отгородили алтарь, установили купол с крестом.
Реконструкция церкви основательно началась в июне 1993 года и продолжается по сей день. В 1994 году детский сад № 1, который располагался рядом с храмом, был передан в пользование церкви вместе с прилегающим к нему земельным участком, что безусловно стало весьма полезно и удобно для прихода, — образовалась своя особая территория православной церкви Казанской Божией Матери. В июле 1995 года было завершено строительство колокольни, была установлена крыша с куполом и крестом и теперь церковь получила традиционный для православного храма облик.