Отсюда некоторые декабристы после восстания на Сенатской площади и проведенного следствия отправлялись в сибирскую ссылку. Некоторые из них отбывали здесь каторгу и просидели в Секретном доме несколько лет: Вильгельм Кюхельбекер, Иван Пущин, братья Бестужевы Николай, Михаил и Александр. Иосифф Поджио провел здесь 8 лет. Декабристам разрешались письменные принадлежности, табак и чай. В Секретном доме в 1884–1906 годах содержались народовольцы — участники революционной организации «Народная воля». Здесь также находились и были казнены в 1887 году революционеры, покушавшиеся на Александра III. Это брат Ленина — Александр Ульянов, а также Андреюшкин, Генералов, Осипанов и Шевырев.