Музей основан в 1926 году как первое научное учреждение Киргизии. 5 марта 1927 года открыта первая экспозиция. Изначально назывался Центральным, в 1933 году переименован в музей краеведения. Название Государственный исторический музей присвоено в 1954 году. В 60-х годах переходит в здание Совнаркома, построенное в 1928 году. В 1991 году музей перехал в здание ликвидированного музея В. И. Ленина.

Площадь музея 8 тыс. м2, количество предметов основного фонда — 44 тыс. Общее число экспонатов — 90 тыс.