Каменный четырёхстолпный собор был построен при Иване Грозном около небольшой церкви Никиты Столпника, первой каменной церкви (1528 г.) монастыря. Старая церковь вошла в новый собор как его южный придел. Позже был пристроен северный Всехсвятский придел. Собор неоднократно перестраивался, в результате чего восьмискатная крыша была заменена на четырёхскатную (XVIII в.), стесаны дуги закомар. В 1984г. обрушился центральный купол пятиглавия. В настоящее время восстановлен в прежних формах.