Двухэтажная тюрьма на 40 камер. На втором этаже были проложены узкие проходы вдоль камер, а остальное пространство пола было затянуто железной сеткой, чтобы узники не могли выброситься со второго этажа. Такая конструкция позволяла тюремщикам просматривать сразу все камеры обоих этажей из любой точки коридора.
В 1884 -1906 годах в новой тюрьме сидели народовольцы, самые известные из них: Вера Фигнер, Николай Морозов, Михаил Фроленко, Герман Лопатин. Условия содержания в тюрьме были жестокими: полная изоляция от мира — никакого общения ни с кем, кроме молчаливых надзирателей, ни переписок с родными, ни книг, кроме Библии и полная тишина, прерываемая только жуткими криками и пением, сошедших с ума узников.
Перестукиваться с сокамерниками и тем более пытаться с ними разговаривать было запрещено. За попытки общения полагался карцер. Чтобы тишина была полной надзиратели одевали на обувь специальные войлочные бахилы. Испытание тишиной использовалось и в тюрьме Петропавловской крепости, как один из способов дополнительного наказания.В камерах новой тюрьмы были рукомойники и центральное отопление. Кровать, стол и стул — вся мебель арестанта. Днем кровати приставляли к стене и запирались на замок, чтобы нельзя было лечь.