Первый деревянный Никольский храм на Каменной горе в скиту Троицкого монастыря был построен в 1657 году. Выстроен был силами монахов на средства елецких купцов и воеводы. Во время большого пожара 1769 года все монастырские постройки, в том числе Николаевский храм, сгорели. В 1770 году на Каменной горе силами монахинь и благотворителей был построен новый храм, освящённый во имя Иконы Божией Матери «Знамение».
Возрождение церкви св. Николая Чудотворца произошло лишь в 21 веке, после передачи порушенной в годы безбожной власти обители верующим и возрождения монастыря. В 2006 году по проекту елецкого архитектора А.В. Новосельцева в древней части монастыря, там, где до пожара 1769 году стояла Никольская церковь, заложен деревянный храм во имя святителя Николая Чудотворца. Построен за один строительный сезон и освящён Владыкой Никоном 31 декабря 2006 года.