Описание усадебных построек впервые встречается в документах о продаже усадьбы за 1785 год. «Господский дом каменный, винокуренный завод с десятью медными кубами и к тому заводу принадлежностями, с мельницы мушною и пивною, кирпичным заводом… с хоромным, подводным и агуменном строением…».

В третьей четверти ХIХ века к усадебному дому был пристроен флигель и возведен мезонин. Фасады украсили башенки по углам мезонина и наличники.

Еще одно краткое упоминание о доме значится в «Ведомостях о состоящих дачах Санкт-Петербургской губернии…». Начало ХIХ века: мыза Изварская «каменная с частию деревянной со службами при озере того же названия».

С начала XVIII в. Изварой владели известные дворянские фамилии Шереметевых, Трубецких, Салтыковых, Веймарнов и др. В 1872 г. усадьба была приобретена К.Ф. Рерихом – отцом художника. Семья Рерихов владела Изварой с 1872 по 1900 г. В 1910-е гг. у последних владельцев имение было приобретено Министерством Юстиции для Санкт-Петербургской детской земледельческой колонии.

Музей был открыт 19 июня 1984 года.