О здании информация как о первоначально деревянной церкви во имя свт. Николая Мирликийского Чудотворца в старообрядческом мужском скиту, построена, очевидно, во второй половине XVIII в. Перестроена (?) в 1886 г., переосвящена в 1887 г., к тому моменту уже в Свято-Никольский женском монастыре, в который был преобразован скит в 1843 г. Внешне достаточно обычный кирпичный храм в духе провинциального классицизма.
В 1918 г. монастырь был закрыт. С февраля 1918 г. по январь 1920 г. все постройки и имущество монастыря находились в ведении Николаевского уездного земельного отдела. Свято-Никольский храм был отдан под зернохранилище. Постановлением Пугачевского уездного исполкома от 11 феврале 1920 года все монастырские здания были переданы в распоряжение уездного отдела народного образования, в Свято-Никольском храме был размещен клуб. В 1930 г. на территории обители и во всех ее уцелевших помещениях расположилась колхозная бригада.
В 1997 г. вновь открыта для служб с одновременными восстановительными работами. С 2000 г. главный храм восстановленного женского монастыря.