Ботанический сад занимает обширную территорию, ограниченную с юга рекой Карповкой, с востока — Большой Невкой, с севера — Песочной улицей (ныне ул. Профессора Попова), с запада — Аптекарским переулком.
Здание включено в "Перечень объектов культурного наследия на территории Санкт-Петербурга" как объект федерального значения.