Главная насосная станция построена по индивидуальному проекту. ГПИ «Эстонпроект» (авторы проекта — М. Вяльбе, К. Ханнус, К. Саард и др.) На момент проектирования главной насосной станции это была крупнейшая канализационная насосная станция в СССР общей производительностью 9,6 м³/сек. К строительству насосной станции приступила ленинградская строительная организация «Спецфундаментстрой», задачей которой было построить понижающий колодец и перегородку. Генеральным подрядчиком на объекте выступил Трест «Механизация строительных работ» (директор В. Чикинёв и главный инженер О. Хант). Однако основную работу выполнили специалисты Спецзавода №1 «Механизация строительных работ», главный инженер И. Труусалу, инженер Л. Ярг и другие.
Работы на строительстве главной насосной станции начались в 1968 году. Поскольку территория насосной станции раньше принадлежала военно-строительной организации, по ее требованиям в качестве компенсации пришлось построить ряд зданий на других участках территории строительной организации.
Поскольку на полуострове Пальяссааре не было централизованной теплосети, в состав комплекса входила главная насосная и индивидуальная котельная. Котельная работает на газе и обеспечивает отоплением и горячей водой только главный насос. Помимо бассейна (резервуара приема сточных вод) и машинного отделения, в состав комплекса также входят 4-этажное здание, цех и здание демпфера. В 4-х этажном здании расположены подстанция, диспетчерская служба, лаборатория, офисные помещения и подсобные помещения для сотрудников (всего 45 человек). Помимо этих построек, на территории главной насосной станции есть еще небольшое здание для охраны и исследовательский центр.