Указ датского короля Эрика VI Менведа (1319) предписывал учить детей таллинских граждан только в этой школе. Нарушителей штрафовали, значительная часть этих средств шла на достройку Домского собора.
Домская школа неоднократно закрывалась и открывалась вновь. В апреле 1887 года по распоряжению императора Александра III все школы Таллина переводились на русский язык преподавания в течение последующих пяти лет. 19 января 1893 года Домская школа была закрыта. Получить разрешение возобновить преподавание на немецком языке удалось 26 апреля 1906 года. Перевод на русский язык преподавания произошёл опять после начала Первой мировой войны. В 1919—1939 годах школа была частной (нем. Ritter- und Domschule zu Reval) и закрылась после выезда остзейских немцев в Германию 1939 года.
В августе 2011 года усилиями архиепископа Эстонской евангелическо-лютеранской церкви Андреса Пыдера, пастора Домского прихода Урмаса Вийлма, директора Образовательной коллегии Старого города Керсти Нигессен и исполнительного директора общества Miikaeli Ühendus Ингрид Мейстер Домская школа была воссоздана. Под размещение школы передано здание по улице Аптееги, д.