Часовня Апостольской православной церкви Преображения Господня, вероятно, была часовней, возведенной в 1219 году в честь победы датчан. В 1249 году рядом с часовней был построен самый молодой из двух средневековых монастырей Таллинна — монастырь цистерцианцев. Более старой частью монастырской церкви была восточная часть, которая во второй половине XIV века была построена вдвое длиннее к западу, достигнув сегодняшних размеров. В новой части церкви было два этажа: верхний для монахинь и нижний для общественного пользования. Сегодня с северной стороны церкви сохранилась консоль монашеского балкона, через которую монахини выходили на балкон.
Монастырь, просуществовавший еще сто лет после Реформации, прекратил свое существование в 1629 году. После закрытия монастыря часть помещений была передана первой эстонской гимназии (ныне Гимназия Густава Адольфа), часть — первой типографии в Таллинне, а монастырская церковь стала шведской гарнизонной церковью.
Завоевание Таллина во время Великой Северной войны привело к тому, что шведский гарнизон заменил русским гарнизоном, который стал зданием в 1716 году. Когда шведский гарнизон ушел, оставшейся шведской общине было передано здание на Рюйтли. Михайловская церковь была освящена как церковь Преображения Господня и служила главным православным храмом до завершения строительства Александро-Невского собора (1900 г.). Нынешняя башня со шлемом в стиле барокко была построена для церкви в 1776 году. Самые старые часы в башне (1575 г.) являются самыми старыми церковными часами в Таллинне после поломки часов церкви Святого Духа (май 2002 г.). Современные окна в стиле классицизма, парадная дверь и купол церкви были переданы церкви в 1827 — 1830 гг. (Архитектор А. Мельников). Фасады церкви отмечены местами более ранних окон, расположенных чуть выше, и выставлена ​​часть первоначального южного портала.
В церкви находится богатый иконостас в стиле барокко (I. P. Zarudnõi), построенный в 1732 году и первоначально полностью покрытый сусальным золотом.
Церковь Преображения Господня — одна из двух Эстонских Апостольских православных церквей в Таллинне.