Дом был построен в 1795 году по проекту губернского архитектора П.Т. Васильева. После пожара 1842 года в 1845 — 1848 годах стали строить новое двухэтажное каменное здание по улице Петропавловской, 26. В 1851 году был выстроен главный корпус гимназии, выходящей на улицу Сибирскую. Чуть позже был отстроен второй корпус гимназии, выходящий на Петропавловскую улицу. В нём помещается церковь Благовещения, освещённая в 1862 году. В 1896 — 1897 годах к этому зданию пристраивают ещё одно, и оно приобретает законченный современный вид.

В 1871 году мужская гимназия была преобразована в классическую мужскую гимназию имени императора Александра I. В 1923 году в здании расположились кабинеты и лаборатории рабфака (рабочего факультета). А в 1932 году место рабфака занял, выделившейся из университета, медицинский факультет.