До присоединения Эстонии к СССР в 1940 году возле посёлка располагалась база Эстонской Армии. В сентябре 1943 года возле военной базы был организован концентрационный лагерь Клоога, просуществовавший до освобождения советскими войсками в конце сентября 1944 года. В советское время в панельных домах посёлка были расквартированы семьи офицеров Советской Армии, служивших в воинской части. В августе 1994 года Российские войска были полностью выведены из Эстонии, и семьи офицеров покинули Клоога, исключение составляют лишь семьи бывших военных, получившие вид на жительство. С 2014 военную базу использует армия США, дислоцированная в Палдиски.